Для того, что бы понять, почему же всё таки это произошло было решено посмотреть за системными ресурсами, на предмет “Может проц сдыхает или память забивается”. Для этого устанавливаем Cacti (что за зверь Google вам расскажет) и следим за сервером в течении пары-тройки дней.

Когда убедились что сервер выдерживает нагрузку даже в пиковые часы, то пытаемся вспомнить с помощью каких библиотек написан сайт. Если в этом списке находим Smarty то, возможно, я знаю ответ на вопрос “почему всё таки тормозит?”.

Итак что нужно сделать. Заглядываем в папку templates_c и если видим там множество файлов кеша (у нас эта папка содержала 29 тысяч файлов) делаем её полную очистку (Ctrl+A Shift+Del).

Затем идем на наш сайт и смотрим поменялось ли что-нибудь. Если да, то я вас поздравляю! Если нет, нужно искать проблему в другом месте.

Если всё таки виновником стал Smarty, то как вариант написать крон, который будет раз в 2 недели или реже/чаще чистить ту самую папочку с кешом.

Я предполагаю что возможной причиной тормозов могло стать большое кол-во файлов в одной папке и проблемы с составлением листингов файлов самой операционной системы. Но утверждать не буду, ибо не спец в ОСях.

P. S. После удаления файлов кеша помимо заметного ускорения сайта мы поймали ещё ряд багов, которые не проявлялись когда странички частично были закешированы. Так что иногда полезно всё таки подчищать папку с файлами кеша.